Posiblemente todos conocemos la ciudad de El Quinche por la famosa peregrinación mariana que, año tras año, se realiza a su santuario; sin embargo, la mayoría ignora los antecedentes precolombinos del lugar, que desempeñó importante papel como eje comercial de la zona norte de la hoya de Quito. 

Algunas referencias arqueológicas sobre el poblado de El Quinche reportan una considerable concentración poblacional en la zona. Así por ejemplo, Jijón y Caamaño (1914), uno de los primeros investigadores de la arqueología ecuatoriana, menciona que “…. la gran cantidad de alfarería, carbones y cenizas de las fogatas, además de abundantes huesos de llama y aves del lugar, demuestran que, que durante un largo lapso de tiempo, la civilización de los aborígenes del Quinche permaneció estacionaria”. Esto hace pensar que la zona fue ocupada mucho antes de la llegada de los incas, a juzgar por el consumo de camélidos y aves, cuyos restos se encuentran en los sitios arqueológicos.
Por su ubicación geográfica, El Quinche mantuvo estrechas relaciones de tipo comercial y ceremonial con poblados precolombinos de los valles aledaños, como Guayllabamba y los Chillos, además de estar estrechamente vinculado con los pueblos de las estribaciones orientales andinas, como Oyacachi, según se aprecia en la tradición oral referente al origen la Virgen del Quinche.
Paralelamente a la actividad comercial que se habría desarrollado en la región de El Quinche, debió existir un importante manejo de la actividad religiosa, reflejado en la serie de montículos probablemente ceremoniales que existían en la zona. Al describir uno de estos montículos, Jijón y Caamaño señala: “… no vacilaríamos en llamarle “sacred enclosure”, ya que su forma bien claramente demuestra que no es una obra defensiva sino un edificio religioso”. Estas características, junto con la alta productividad de la zona, habrían justificado la ocupación inca del asentamiento, como señala Tamara Bray (2003), especialista en temas incas de los Andes Septentrionales.
En tiempos incas, la zona abría adquirido carácter multiétnico en razón de la deportación sufrida por la gente local, luego de la guerra que los incas iniciaran contra los Caranquis, hallándose gente de pueblos como Angara, Cañari, Guango, Tacuri, entre otros, probablemente reubicados con el fin de guarnecer la zona.
El sistema de hacienda impuesto en la zona por la conquista española, y la evangelización promovida desde el pueblo antiguo del Quinche, sugieren que la región estuvo densamente poblada llegando a constituir un importante centro comercial y religioso. El Quinche fue uno de los principales poblados en evangelizar las estribaciones orientales, al punto de convertirse en santuario de la Virgen traida desde Oyacachi, ya sea por los mismos indios o por la autoridad religiosa de El Quinche. Tomando en cuenta las evidencias arqueológicas, históricas y etnográficas, numerosas aunque no suficientes para la reconstrucción del pasado de la zona, podemos señalar que la relevancia religiosa ha ocultado por muchos años la relevancia histórico-arqueológica de la comarca. En su largo peregrinar histórico, El Quinche ha optado por una misión religiosa de impresionante sentido colectivo, que junto con otros santuarios como los de la Virgen de Agua Santa de Baños, y la Virgen del Cisne en Loja, constituyen ejemplos de la fuerza de la religiosidad popular en el Ecuador.