La investigación moderna ha demostrado que ninguno de estos argumentos tiene validez, ya que el cráneo no se pudo relacionar del todo con el contexto paleontológico encontrado en la quebrada de Chalán. En 1980, dicho cráneo fue datado por el método del Carbono 14 en 4950 años aproximadamente, lo que significaría que se trata de la etapa del paleoindio tardío, aunque no se han encontrado datos culturales asociados con el cráneo.

En 1974, en la quebrada de Chalán se encuentra otro cráneo con características similares a Punín-1, y se lo denomina Punín-2. A diferencia del primer cráneo este fue encontrado con varios huesos humanos, y se analizó

un fémur que fue datado en 1240 años a. C., que corresponde al Periodo Formativo. Irónicamente, no hay relación entre el fémur y el cráneo, por lo cual este particular desatino hizo que el cráneo de Punín-2 sea más controvertido que Punín-1.

En la actualidad, el cráneo de Punín-1 es un misterio. No se sabe de su destino, ni logró probar la existencia de un hombre temprano en la sierra central del Ecuador. No se descarta que los puninenses hayan acentuado sus características genéticas por la practica de la endogamia (Salazar 2004). Emilio Bonifaz –donante del cráneo- ha propuesto que los puninenses serían el resultado del cruce de habitantes originarios con grupos blancos venidos desde Asia, pero esta teoría es poco sería como para ser tomada en cuenta.

La quebrada de Chalán es uno de los sitios paleontológicos más interesantes del país. En ella se han encontrado varios fósiles de fauna pleistocénica, pero no se les ha dado mucha importancia. En 1871, Wolf menciona esta quebrada en su intento por determinar la edad de las erupciones volcánicas. Reconoce el carácter pleistocénico de varios fósiles, como el mastodonte (Mastodon andium), un caballo extinto (Equus andium) y un armadillo (Dasypus magnus) por encontrarse inmersos en tobas volcánicas del cuaternario. Wolf afirma que este sitio podía ser el más antiguo en fauna pleistocénica del país. Reiss Branco investiga también la fauna pleistocénica del Ecuador en Quito y Riobamba, realizando un estudio más exhaustivo en la quebrada de Chalán, especialmente de los caballos pleistocénicos.

Hace dos meses en dicho lugar, un aluvión puso al descubierto varios fósiles, dando lugar a que muchos huaqueros acudan a apropiarse indebidamente de lo poco que queda de la fauna pleistocénica de Punín. El aspecto de la quebrada es muy singular. En las paredes del río (ahora seco) se pueden apreciar claramente los huesos que sobresalen, a manera de ganchos de ropa. Y en la orilla de la quebrada hay varios cráneos y huesos sueltos, algunos de ellos erosionados por el agua.